朝廷宦官和军阀争权的时候，李克用正在拼命攻打昭义，孟方立准备反击，888年，10月，孟方立遣大将奚忠信将兵三万袭辽州，李克修令安金俊率一军设伏于辽之东山，奚忠信气势汹汹的率领大军来到东山脚下，李克修横刀立马率军挡住奚忠信的去路，李克修怒说：“你这个败军之将，既然敢偷袭我辽州。”奚忠信大怒说：“你这个沙陀佬，总是攻打我们昭义，今天与我决一死战。”于是率军与李克修大战，双方混战的时候，突然山上喊杀声四起，安金俊率军从山上冲下，昭义军大败，奚忠信被擒。
龙纪元年，李克用令李存孝和李罕之为先锋，大举以伐邢、洺，李罕之、李存孝很快攻占了洺州和磁州。孟方立派大将马溉和袁奉韬抵抗，双方在琉璃陂对垒，随着鼓声雷鸣，马溉和袁奉韬出马约李罕之、李存孝大战，李罕之和李存孝飞马而出，直取两人，双方大战三十回合，李罕之的阴月铲铲得马溉无法招架，李存孝的铁楇锤得袁奉韬的武器都弯曲，再战十回合后，李罕之、李存孝将二将俘虏。李克用大喜，乘势包围邢州。孟方立令众将出战，众将无人敢出，孟方立于是怀疑将领们对自己不忠，将领们都怨恨孟方立，个个准备造反。孟方立以为无望，饮鸩自杀。士兵推孟方立的弟弟孟迁为留后，孟迁向朱温求援，朱温先遣王虔裕选勇士百余人径往赴之，王虔裕伺夜突入邢州。孟迁看到王虔裕兵少，心中不喜。王虔裕说：“守城讲的是虚实，诸葛亮空城计可以退司马懿的十万大军，我们可以多设旗帜，敌人以为我大军到来，一定撤退。”孟迁喜，明日，循堞树立旗帜，晋人不知道城里面的虚实，乃退。
数月后，河东的探子回禀李克用说：“朱温的大军都前去攻打朱瑄和朱瑾了，邢州城里面的只有少数汴军。”李克用大喜，复来围邢，邢人困而怀有二心，孟迁乃絷王虔裕三百人送于太原，投降李克用，李克用控制了昭义全境。李克用令孟迁全家迁太原，表安金俊为邢、洺、磁团练使，以孟迁为汾州刺史。
李克修为昭义节度使，郭崇韬为李克修帐下亲信，累典事务，以廉干称。郭崇韬，字安时，代州雁门人也。父宏正，从小见崇韬聪慧，乃给他取名崇韬，意思是崇尚韬略。李克用班师，因抚封于上党。李克修性俭啬，不事华靡，供帐饔膳，品数简陋。李克用怒其菲薄，笞而诟之，说：“你这个吝啬鬼，提供这些萝卜、白菜给本王吃，人活几十年很容易吗？这样对待自己和别人，给一个郡你又怎样？”克修惭愤发疾；明年三月，卒于潞之府第，时年三十一。李克修卒，李克用召郭崇韬回太原，用为典谒。
李顺节已赶走杨复恭，则横暴，出入以兵从，两军中尉刘景宣、西门重遂察其意非常，以状告诉昭宗。昭宗下诏召顺节，李顺节辄以甲士三百入，至银台门，西门重呵之说：“天子召见将领，闲杂人等不得入内。”刘景宣引李顺节坐殿庑，其部将嗣光审出斩之，三百甲士听闻李顺节被斩，大噪，出延喜门，剽永宁里，尽夕止。
贾德晟与李顺节皆为天威军使，顺节诛，颇嗟愤，西门重遂亦奏请诛之。于是凤翔李茂贞、邠州王行瑜、华州韩建、同州王行约、秦州李茂庄同劾山南节度使杨守亮说：“守亮纳叛臣，请出兵讨罪，军饷不用朝廷度支”。李茂贞请假山南招讨使。西门重遂见自己也是宦官，怕连累自己，于是对昭宗说：“李茂贞势力已经非常强大，如再得兴元，则羽翼成矣。”执不可，昭宗亦说：“茂贞得山南必难制！”诏两解之。
王建率领大军攻打西川的时候，武定军节度使杨守忠、龙剑节度使杨守贞会杨守厚兵寇梓州。顾彦晖向王建求援，王建派养子王宗侃率军五万前去救援梓州，杨守厚、杨守忠和杨守贞正狂妄攻打梓州城，王宗侃突然率军杀到，杨守忠和杨守贞连忙回头抵挡，顾彦晖养子顾瑶见援军到来，立即带兵从城里杀出，内外夹击，杨守忠和杨守贞战死，杨守厚带领残兵败将连忙撤退。王宗侃因功升雅州防御使、检校右仆射。
凤翔陇右节度使李茂贞早对兴元垂涎三尺，听闻杨守厚大败于梓州，于是再劾杨复恭说：“复恭自谓隋诸孙，以恭帝禅唐，故名复恭，逆状明白，且请削杨守亮官爵”。昭宗不准。李茂贞遂擅与王行瑜出讨杨复恭，自号兴元节度使，诒宰相书说：“尔等虽身为宰相，道是先丢西川，后失君王，王建狂逆、复恭嚣张，你们束手无策，看来朝廷还要倚重我们这些武将。”宰相们见李茂贞慢悖不臣，敢怒不敢言。昭宗不得已乃为下诏，令茂贞、行瑜讨汉中。
李茂贞和王行瑜率领大军气势汹汹的出征，陷凤州，感义军节度使满存奔于兴元，茂贞和王行瑜遂陷兴、洋二州。李茂贞和王行瑜势如破竹寇兴元，见人就杀，山南民众个个逃命。杨守亮、杨守信和满存大怒，领兵出战，双方混战，杨守亮不敌。李茂贞和王行瑜破兴元城，杨复恭、杨守亮和杨守信奔阆州，李茂贞以子李继密守兴元。昭宗诏吏部尚书徐彦若为凤翔节度使，而以茂贞为汉中节度使，李茂贞不拜，请其子李继密为兴元留后。昭宗不得已，乃授李继密为汉中节度使，自是李茂贞始强大。
杨复恭自知为天下所不容，乃与杨守亮商议对策，杨守亮说先父杨复光与太原李克用私交甚密，有推荐之功，可以去投奔。杨复恭乃与杨守亮等自阆州将北奔太原，趋商山，至干元，为韩建逻士所禽，韩建即斩复恭、守信，槛车送守亮京师，昭宗令枭首长安市。李茂贞上复恭与守亮书说：“承天门者，隋家旧业也，儿但积粟训兵，何进奉为？吾披荆榛立天子，既得位，乃废定策国老，奈负心门生何！”门生，谓天子也，其不臣类此。杨复恭的干儿子杨彦博奔太原收葬其尸，并向李克用喊冤，李克用为杨复恭申雪，昭宗乃下诏复杨家官爵。
王潮占领泉州后，在泉州励精图治，召集离散流民，鼓励生产，整饬部属，创筑子城，减轻徭役，放宽赋税，兴办义学，颇得人心。
大顺二年891年，陈岩患病，派使者召请王潮到福州接管军政大事。使者未到泉州，陈岩已去世，陈岩妻弟护军都将范晖执掌兵权，自称留后，陈兵列阵，抗拒王潮接管福州。王潮命堂弟王彦复任都统，三弟王审知任都监，发兵攻打福州。范晖坚守城池，同时向董昌求援。王彦复和王审知久攻福建不克。
景福元年892年，威胜节度使董昌调温、台、婺三州将兵五千人驰援范晖。王彦复、王审知受到前后夹击，飞报王潮请求暂时罢兵，王潮不许。王彦复、王审知再请王潮亲临指挥，王潮回书说：“兵尽添兵，将尽添将，兵将俱尽，我当自来。”于是，王彦复、王审知再次身先士卒，亲冒矢石，发起猛烈攻势。是年五月，福州城内粮尽，军心涣散。范晖见大势已去，仓皇逃走，途中被士兵杀死。董昌见福州城失，也撤兵回师。
王潮迁署福州，自称留后，厚葬陈岩，由此声威远播。汀州刺史钟全慕、建州刺史徐归范携带户丁田粮册籍，亲赴福州请归王潮节制，山岭海岛也有二十余股地方武装闻风来降，王潮据有福建五州之地，称雄一方。昭宗于是封王潮为福建观察使。
昭宗还京师，以宦官景务修、宋道弼为北军的头目，俄景务修、宋道弼专国。宰相崔胤恶之，另外两个宰相徐彦若、王抟惧祸不解，稍抑崔胤以和北军。崔胤怒，劾抟党宦徐彦若、王抟、景务修、宋道弼竖横、不忠。昭宗乃流道弼驩州，务修爱州，景务修、宋道弼并死于灞桥；逐彦若于南海。乃以刘季述、王仲先为左右中尉，刘季述、王仲先痛恨崔胤尤甚。
李茂贞恃勋恣横，擅兵窥伺，颇干朝政，萌问鼎之志。既而逐泾原节度使张球、洋州节度使杨守忠、凤州刺史满存，皆夺据其地，奏请子弟为牧伯，朝廷不能制。内枢密使李周潼上书议说：“李茂贞拼命杀戮山南西道百姓，驱逐朝廷任命的泾原节度、洋州节度使、凤州刺史就是想谋反，朝廷不可以纵容。”中尉西门君遂也对昭宗说：“李茂贞深受皇上厚恩，不思报答，反而乘机扩大自己的势力，应该讨伐。”李茂贞即上章论列说：“陛下贵为万乘，不能庇元舅之一身；尊极九州，不能戮复恭之一竖。今朝廷但观强弱，不计是非。约衰残而行法，随盛壮以加恩；体物锱铢，看人衡纩。军情易变，戎马难羁，唯虑甸服生灵，因兹受祸，未审乘舆播越，自此何之！”
昭宗看到李茂贞的奏章，激怒，不任其逼，欲加讨伐。乃命宰臣杜让能调发军旅，讨伐李茂贞。杜让能对昭宗说“茂贞地大兵强，而唐力未可以致讨；凤翔又近京师，易以自危而难于后悔，佗日虽欲诛晁错以谢诸侯，恐不能也。”昭宗不听，加杜让能太尉，令其率禁军三万人，直逼凤翔。
李茂贞听闻朝廷大军到来，以六万兵马截击杜让能，杜让能带领大军还没到凤翔边界，李茂贞突然领兵杀出，千军万马向禁军杀来，禁军首领首先奔逃，杜让能被吓得全身发抖，其身边的亲将也护着他奔逃，禁军大败，朝廷师未越境，为茂贞所灭。李茂贞乘胜进屯三桥，京师大震，士庶奔散，昭宗乃诛中尉西门君遂、李周潼等谢之。李茂贞严兵不解，势将指阙，抗言：“杜让能挑拨军辰关系，诛之方罢”。让能自知必死，对昭宗说：“臣请归死以平国难。”昭宗流泪说：“朕与卿决矣！”随即将杜让能贬为雷州司户。
李茂贞率军入京师，再向昭宗施压，昭宗不得已乃赐死杜让能及杜弘徽兄弟。及韦昭度、李谿为相，李茂贞上表说：“韦昭度等无相业，不可置之台司，恐乱天下。”昭宗诏报说：“军旅之事，吾则与籓臣图之，朝廷命相，出自朕怀。”李茂贞于是心怀不满。
王重盈死后，王珙和王珂争留后，护国军拥立王重荣的儿子王珂继任，王珙兵强，并且向李茂贞求助。王珂也向朱全忠和李克用求援。王珙写书对朱全忠说：“珂非吾兄弟，家之苍头也。小字虫儿，安得继嗣？”时，朱温正在和杨行密撕杀，无心西顾，王珂遣使求援于太原，上章说：“亡父与陇西郡王有兴复之功，请求郡王相助。”李克用保荐王珂于朝，李茂贞却请授王珙为河中节度使，昭宗诏报说：“太原表先至，已许王珂，不可追改。”李茂贞大怒。
昭宗即位后，加封王行瑜为侍中兼中书令，王行瑜求取尚书令之职。中书门下平章事韦昭度奏道：“太宗皇帝曾任尚书令，此后臣子无人得授此职。郭子仪建有大功，尚且不肯接受，何况王行瑜。”昭宗乃止之，只加封王行瑜为尚父，以作安慰。户部侍郎同中书门下平章事崔昭纬内结宦官，外通藩镇，李磎拜相，崔昭纬暗中挑拨，对王行瑜道：“韦昭度前番不让您担任尚书令，现在又引荐李磎为相，这是要蛊惑圣听，恐怕对您不利。”
王行瑜便联合凤翔节度使李茂贞，多次上表皇帝，要求罢免李磎、韦昭度。昭宗不批。李茂贞于是联合王行瑜、韩建称兵入觐，京师震恐，昭宗御楼待之，李茂贞等抗表请杀宰相韦昭度、李谿以谢天下，移王珙于河中。昭宗无奈把韦昭度、李谿贬到外地，两人在出任时被王行瑜所杀。昭宗大惧，答应王珙为河中节度使，李茂贞乃引兵还，既还，留其假子李继鹏宿卫，实为控制昭宗。