农民军没有起义之前，“忧国忧民”的翰林学士刘允章谨冒死上谏皇帝:臣闻太直者必孤，太清者必死。昔晁错劝削诸侯之地，以蒙不幸之诛。商鞅除不轨之臣，而受无辜之戮。今并臣三人矣。
守忠怀信，口不宣心。则刎颈刳肠，向阙庭而死者，并臣是也。救国策从千里而来，欲以肝脑，上污天庭，欲以死尸，下救黎庶。臣死之后，不见圣代清平，故留贱臣以谏明主。
杀身则易，谏主则难。以易死之臣，劝难谏之主。伏见陛下初登九五，颁下诸州：开直谏门，言者无罪。四方雷震，百里奔驰，至阙庭者，愿陛下置升平之业矣。陛下既不用其策，不舍其过。或鞭挞市朝，囚禁园苑，深埋沟壑者，不知其数;乞食道途者，不记其名。夫输忠献策之臣，匍匐阙庭者，岂敢欺陛下乎?大臣爱位而不敢言，小臣畏死而不敢谏。忘生请死之罪，往往冒死天庭者，知陛下觉悟也。以宰臣为度外之官，以御史为不速之任。冤者不得伸。君子所以深藏，小人所以谋乱。自古帝王以御史为耳目，以宰相为股肱。股肱废则不能用，耳目蔽则不能视。
今陛下废股肱，蔽耳目，塞谏诤，罪忠良。欲令四海不言，万方钳口，可不谓也。臣恐千秋万岁，说陛下不圣，笑陛下不明。臣所以急也。当今天下求进之臣，贤愚混杂，善恶同群。真智真愚，何所分别?取之则善恶进，舍之则贤愚退。何不使至愚在野，至贤入仕?使疑天下食禄之家，凡有八入。臣请为陛下数之:节度使擅自更改中央的命令，一入也。用钱买官卖官，二入也。诸官员看上司的脸色报功优，三入也。武将做文官的职位，四入也。虚衔入仕，五入也。改伪为真，六入也。媚道求进，七入也。无功授赏，八入也。
国有九破，陛下知之乎?终年聚兵，一破也。蛮夷炽兴，二破也。权豪奢僭，三破也。大将不朝，四破也。广造佛寺，五破也。贿赂公行，六破也。长吏残暴，七破也。赋役不等，八破也。食禄人多，输税人少，九破也。臣闻自古帝王，终日劝农，犹恐其饥;终日劝桑，犹恐其寒。此辈不农不桑，坐食天下。欲使天下之人尽为衣冠矣，天下之人尽为将士矣，举国之人尽为僧尼矣，举国之人尽为劫贼矣。欲使谁人蚕桑乎?
今天下苍生，凡有八苦。陛下知之乎?官吏苛刻，一苦也。私债征夺，二苦也。赋税繁多，三苦也。所由乞敛，四苦也。替逃人差科，五苦也。冤不得理，屈不得伸，六苦也。冻无衣，饥无食，七苦也。病不得医，死不得葬，八苦也。
仍有五去。势力侵夺，一去也。奸吏隐欺，二去也。破丁作兵，三也。降之为客，四去也。避役出家，五去也。人有五去而无一归，人有八苦而无一乐，国有九破而无一成，官有八入而无一成。凡有三十余条。上古已来，未之有也。天下百姓，哀号于道路，逃窜于山源;夫妻不相活，父子不相救。百姓有冤，诉于州县，州县不理;诉于宰相，宰相不理;诉于陛下，陛下不理。何以归哉!
苍生嗷嗷，何负陛下?天下征战，未有了期，则祸难起于腹心，蜂虿生于手足。陛下左右，无人敢言，但知润色美词，悦情畅志而己。岂知千里零落，万里凋残者哉?今国家狼戾一作狈如此，天下知之，陛下独不知之。天下不敢言，臣独言之。万死一生。臣死一介之命，救万人之命。臣今虽死，犹胜于生。臣献策千条，未蒙一问。羁孤贫病，流落风尘。眷恋朝廷，而不能去。倘陛下览臣愚见，知臣愚忠，则理乱斯须，存亡瞬息。太平之日，昭然目前，必也。陛下不以万国为心，不以百姓为本。臣当幸归沧海，葬江鱼之腹，不忍见国难危。臣之愿毕矣。臣恳擗不胜痛切感惧之至。
唐僖宗看到这样的奏章，哈哈大笑说：“天下太平，人民安居乐业，无趣的大臣怎么上这样悲观的奏章！”立即把奏章扔到一边去，等到中原农民军四起，唐僖宗才知道事情的严重性，再把刘允章的奏章看了一遍，感动得差点流泪，心想：“大唐王朝还有这样的忠臣，真是难得!”立即任命刘允章为东都留守。
刘允章来都洛阳，下令加强兵备，同时下令洛阳周围州郡的统帅向洛阳靠拢、支援。洛阳周围的统帅大部分是花银子买的官职，一听说黄巢势大，个个弃官而逃。几个月后，黄巢率领几十万大军围攻东都洛阳，令赵璋，孟楷、王璠围困东门，尚让、费全古、盖洪围西门，林言、柴存、黄揆围南门，郑汉璋、马详右、黄皓围困北门。
留守刘允章看到农民军把洛阳围困得密密麻麻，一筹莫展，不断仰天长叹说：“早听老夫的话，天下也不会败坏到如此地步！”众将不断安慰，刘允章看到下面全部是摩拳擦掌的农民军，心灰意冷。黄巢率军在城下喊话说：“打开城门投降不杀，否则城破之日，片甲不留。”刘允章差点晕到，左右连忙把他扶住。那些贪生怕死的官员不断在旁边劝说刘允章：“国家气数已尽，我们不如归顺农民军吧？”刘允章无奈，只好下令打开城门，旁边一个忠于朝廷的官员大叫说：“老匹夫，你以前不是如何的纸上谈兵、为国为民吗？现在怎么把国家的东都送给贼寇。”刘允章的亲将大怒，一刀就把那个官员给砍了，没人再敢说三道四。刘允章颓废的从城楼慢慢走下，以百官迎农民军入城，黄巢劳问不已，下令：“禁止掠夺，违令者斩。”洛阳里闾晏然，人民安居乐业，又有很多贫苦大众加入农民军。黄巢接见刘允章说：“现在洛阳本大将军已经接收，刘先生已经老了，还是退休回家修养吧。”刘允章坐废于家，几天后以疾卒。
僖宗听闻洛阳已破，急忙令郑畋出任凤翔陇右节度使，并在宫中摆宴给田令孜饯行，田令孜，本姓陈，西蜀人，入宫后过为田宦官为义子，懿宗时任小马坊使，和太子李儇玩得很好。僖宗继位后成为僖宗的心腹。田令孜以前说要上战场为国家分忧，本来只是说说而已，并不想上前线送死，于是连忙磕头说：“皇上你不能离开我，离开我后众大臣就会对你不利。”僖宗忧虑的说：“孤只是想让你到信门替孤慰问神策军，鼓舞他们的士气，没说让你上前线。”田令孜吓出一身冷汗，连忙说：“这件事臣一定办好，臣准备从家财中拿出千金慰劳神策军。”僖宗大喜，令田令孜立即去办。
明日，田令孜从国库选了一批粗布绸缎，来到信门的神策军营，慰问厚赏神策军。神策军士气低落，看到那些粗布绸缎个个窃窃私语说：“我们又不是妇人，要粗布绸缎干什么”。田令孜用杀鸡似的尖叫声对神策军众将士说：“现在国家已到了危难关头，现在是你们报答国家的时候了，现在我每人发两匹布，一匹粗布，一匹绸缎，粗布给你们做衣服，绸缎给你们老婆做衣服，现在国库空虚，有粗布绸缎发已经很不错了，你们要珍惜。”于是令神策军准备出征。神策军士皆是长安豪富家子弟，只是为了厚得供给和赏赐才贿赂宦官挂名军籍的，平日高车大马，悠然自得，未尝经历战阵。一旦听说出征，吓得父子抱头相哭，为了逃避战事，很多人以金帛雇商贩、贫民与无赖代行。那些商贩、贫民和无赖来到军营，张承范下令列军，商贩、贫民和无赖根本就不像个勇猛的兵士，观者寒毛以栗。
僖宗令张承范以强弩三千与李克让带领神策军防关，李克让，李克用之仲弟。少善骑射，以勇悍闻。咸通中，从讨庞勋，以功为振武都校。乾符中，王仙芝陷荆、襄，朝廷征兵，克让率师奉诏，王仙芝死，以功授金吾将军，留宿卫。初，李克用的懿祖归顺大唐，宪宗赐宅于亲仁坊，自长庆以来，令各地藩镇、部族、首领相次一人典卫兵。李克用在云中起兵造反，杀段文楚，朝议罪之，命加兵于李克用父子，李克让惧，将逃归，天子诏巡使王处存夜围亲仁坊捕克让。眼看官兵就要合围，李克让与纪纲、何相温、安文宽、石的历等十余骑弯弧跃马，突围而出。官军数千人追之，比至渭桥，李克让与部将弯弓射箭，死者数百。克让自夏阳掠船而济，归于雁门。明年，僖宗饶恕李克用造反的罪过令其讨贼勤王，李克让复入宿卫。
张承范见兵力稀少，辞说：“安禄山率兵五万陷东都，今贼众六十万，过禄山远甚，恐不足守。”僖宗不许，说：“现在国家处于危难之中，各地藩镇还没有到来，将军勉之”。张承范与李克让只好硬着头皮带领士兵赶赴潼关。
黄巢进取陕州、虢州，檄关戍说：“吾道淮南，逐高骈如鼠走穴，尔无拒我！”官军们害怕不已。张承范只令士兵带了三天粮食，兵过华阴，神策兵所带的粮食已吃完，地方官也缺粮，神策兵不能够吃饱，有些无赖开始起哄说：“饭都吃不饱，还打什么仗！”神策兵听到这些声音，个个豪无斗志。
拿下洛阳后，黄巢令尚让、盖洪和费全古率军十万进逼潼关。十二月，农民军先锋尚让率领盖洪、费全古等大将攻关，潼关守将兖海节度使齐克让领军出战。两军对垒，尚让出马说：“汝等何人，既然敢挡我大军。”齐克让大叫说：“我是你齐爷爷，有本事放马过来。”尚让大怒，舞起陌刀大战齐克让，齐克让抡起开山斧左挡右劈，八十回合下来尚让不敌。费全古拿着长矛飞马奔出直取齐克让，齐克让与其大战五十回合，盖洪手抖，飞马奔回。盖洪抡起双斧骤马而来和齐克让又大战，官军一阵冲杀，尚让少却。齐克让扎营在关外，尚让给黄巢写军报说：“齐克让勇猛，我军攻关不利。”黄巢大怒说：“何人敢蝼蚁挡车，立即下令全军赶赴潼关。”农民军于是召集三十万大军出发。尚让领军再出战，官军和农民军互有杀伤。俄而黄巢率军三十万至，巢师大呼，川谷皆震，官军开始害怕，齐克让大怒说：“食君之禄，担君之忧，有后退者斩。”官军开始稳定下来。齐克让下令回营坚守。
几天后官军粮食吃完，一些士兵开始埋怨：“吃都没有吃的，还说什么‘食君之禄，担君之忧’”，时官军士兵饥甚，个个想逃，一些人干脆潜烧克让营，归顺农民军。齐克让见兵变，连忙率领所部奔走入关，守关将领张承范见齐克让狼狈而回，忙问：“怎么回来了？”齐克让把头盔一扔，怒说：“现在国家处于危难之中，朝廷既然不支援粮饷，这仗该怎么打啊！”张承范无奈的说：“那我们只有坚守了”。唐守关众将领对齐克让和张承范说：“贼势大，怎办？”张承范出金谕军中说：“诸君勉报国，救且至。”齐克让对张承范说：“国家有难，既然让将军出私钱，我深感惭愧。”士感泣，个个为国拒战，农民军稍退却。黄巢见官军援师不继，急攻关，官军矢尽猛扔，接着用发石车飞石以射，农民军伤亡惨重。尚让请求停止攻击，黄巢大怒说：“大事是否成功在此一举，如有后退者斩。”
大军战到傍晚，黄巢见久攻不下，下令退兵，深夜，黄巢令趫伟带领五百精兵为敢死队，准备偷袭。趫伟带领五百精兵偷偷摸摸的来到关下，偷过内堑，突然发起攻击，官军发现趫伟等兵，李克让乃带领所部搏战。双方精兵短兵相接，黄巢带领大部队跟上，亲自驱士兵填内堑、火烧关楼，双方又战到天亮，关楼被火烧皆尽。